Основними завданнями Сектору є надання Голові об’єктивних і незалежних висновків та рекомендацій щодо: - функціонування системи внутрішнього контролю та її удосконалення в системі ДАРТ; - удосконалення системи управління в системі ДАРТ; - запобігання фактам незаконного, неефективного та нерезультативного використання бюджетних коштів; - запобігання виникненню помилок чи інших недоліків у діяльності підконтрольних суб’єктів внутрішнього аудиту.